L'estructura del programa planteja una linealitat entre les diferents modalitats d’acord amb la maduresa de les seves idees.
La Modalitat A. Llavor planteja l’obtenció d'evidències inicials sobre la viabilitat tècnica/comercial i una orientació al mercat dels resultats de la recerca que situarien el projecte en millors condicions per afrontar la fase de prova de concepte.
La Modalitat B. Producte se centra en la maduració tecnològica d'aquelles idees que hagin obtingut evidències suficients sobre el problema detectat i la solució proposada.
La Modalitat C. Innovadors se centra en la maduració comercial en la fase més propera de mercat, amb l'objectiu d'explotar comercialment les tecnologies.
Algunes de les principals novetats que presenta el nou programa són:
La incorporació de la convocatòria Innovadors dins el Programa Indústria del Coneixement. Els ajuts dels projectes Producte seran de fins a 150.000 € (abans 100.000 €). La creació d'un panel específic de Socials on s'inclou els àmbits de coneixement de Ciències socials i Arts i humanitats.
| 
